石岛老城区处于靖海卫古城与宁津所古城的连接线的中心位置，石岛的发展，是源于靖海卫、宁津所两个明朝军事单位的设置。
从元朝末年起，日本九州一带的封建诸侯纠集武士、商人和海盗，经常骚扰我国沿海地区，沿海居民称他们为倭寇。
明朝前期朱元璋加强了海防，于洪武三十一年（ 1398 年），在石岛地区，当时文登县的境内设置了靖海卫城和宁津所城，以防倭备战，同时实行军屯。
明朝初期，也是我国历史上一次比较大的移民和民族融合的历史时期，石岛境内村庄多为明清建村。明朝中期，海防松弛，倭寇猖獗，沿海人民对倭寇恨入骨髓，纷纷组织武装保卫家乡。明政府也委派将领，调集军队到沿海地区剿灭倭寇，像戚继光、俞大猷都是抗倭英雄。
1592 年（明万历年间），日本权臣丰臣秀吉派侵略军军队 20 万人，战船几百艘，进攻朝鲜，妄图吞并朝鲜以后，进一步向中国进攻。
翌年，明政府派李如松带领援军开到朝鲜，和朝鲜军队共同打败了日军的精锐部队，收复了平壤和汉城。
1597 年，丰臣秀吉派侵略军 14 万人再度进攻，明政府援军和朝鲜军猛烈反击，再一次把日本侵略军压缩到釜山附近，第二年丰臣秀吉病死，日本内部发生很大混乱，日本侵略军仓惶撤退，明水军和朝鲜水军拦击逃跑的倭寇，双方在海上展开激战，日本侵略军几乎被全部歼灭，援朝战争取得了胜利。明朝老将邓子龙和朝鲜名将李舜臣在这次战斗中壮烈牺牲。这次战役狠狠地打击了日倭的嚣张气焰，日倭侵扰我海疆的强盗行为有所收敛。至明末清初已近销声匿迹，明朝设置的卫所针对日倭侵扰的作用降低了，直到清初就显得可有可无了。